El formato será el siguiente:
* Los 6 primeros clasificados en la tabla final de posiciones de la Superliga Quilmes Clásica 2018/19 pasarán directamente a octavos de final.
* Los 20 equipos restantes se cruzarán, en la Primera Fase, en choques de ida y vuelta, siendo local en la vuelta el mejor ubicado en la tabla final de posiciones de la Superliga Quilmes Clásica 2018/19. El 7° Se cruzará con el 26°, el 8° con el 25°, y así sucesivamente.
* Los octavos de final se disputarán también con encuentros de ida y vuelta, donde se suman los seis equipos clasificados inicialmente y los diez ganadores de Primera Fase, con el mejor ubicado como local en la vuelta (siempre se refiere a la tabla final de posiciones de la Superliga Quilmes Clásica 2018/19). Mirá acá el cuadro con las llaves definidas hasta la final.
* Los cuartos de final y las semifinales serán también a ida y vuelta, con el mejor ubicado como local en la vuelta (siempre se refiere a la tabla final de posiciones de la Superliga Quilmes Clásica 2018/19).
* La final se disputará a partido único y en una cancha neutral.
El ganador de la Copa de la Superliga obtendrá una plaza para la Copa Libertadores de América 2020 y el subcampeón de la Copa de la Superliga (es decir, el otro finalista) tendrá acceso a un lugar en la Copa Sudamericana 2020.