Tras consagrase en la Copa Libertadores y la Intercontinental en 1968, Estudiantes volvió a gritar campeón del máximo torneo a nivel continental. Luego de dejar en el camino a Universidad Católica, se enfrentó a Nacional en la final. Primero ganó en Uruguay y, seis días más tarde, dio la vuelta en La Plata.
La primera final tuvo lugar el 15 de mayo en el estadio Centenario. Con un tanto del Bocha Flores, a los once minutos del segundo tiempo, Estudiantes se trajo un valioso triunfo. Casi semana después, el 21 de mayo de 1969, recibió al conjunto uruguayo en el estadio Jorges Luis Hirschi. A pesar de que con un empate era campeón, el equipo dirigido por Osvaldo Zubeldía fue en busca de la victoria y, a los 32 del primer tiempo, Flores marcó de vuelta, esta vez de cabeza. Cinco minutos más tarde, Marcos Conigliaro puso el histórico 2-0 final, que le permitió a Estudiantes conseguir su segunda Copa Libertadores consecutiva.